Nasceu no Rio de Janeiro, casado com Maria de Fátima Carneiro de Mendonça, e tem três filhos.Judeu, é também militante do movimento sionista desde a juventude.A sua atividade política se inicia a partir de 1968, no movimento estudantil, quando presidiu o diretório acadêmico da Faculdade de Engenharia da Pontifícia Universidade Católica (PUC). Entretanto, em 1973, passou a ser perseguido pela ditadura militar e teve que abandonar o curso de Engenharia, que nunca completou.Nesse mesmo ano mudou-se para Salvador e ingressou na industria petroquímica no polo de Camaçari, no litoral da Bahia.Lá se tornou técnico em manutenção.Começou a atuar no Sindicato dos Trabalhadores da Indústria Petroquímica(Sindiquimica), do qual foi diretor e presidente de 1987 a 1989.Conheceu Lula num congresso de petroleiros e, em 1980, ingressou no Partido dos Trabalhadores (PT ). Nessa época foi um dos fundadores do PT e da Central Única dos Trabalhadores (CUT) no estado.Filiado ao partido desde então, Jaques Wagner foi eleito deputado federal em 1990.Depois de três mandatos como deputado, concorreu ao governo da Bahia em 2002 e foi derrotado.Então, foi acomodado por Lula como Ministro do Trabalho e posteriormente, em 2005, tortou-se Ministro das Relações Institucionais, assumindo a coordenação política do governo e suas relações com o Congresso Nacional. Foi eleito governador do Estado,em outubro de 2006.A vitória de Jaques Wagner foi apontada pela imprensa, como o fim do carlismo, ou seja, da forte influência do ex-governador Antonio Carlos Magalhães. Em dezembro de 2006, seguindo o modelo do governo Lula, Wagner anunciou que pretende ter sob a sua responsabilidade direta a administração dos recursos financeiros estaduais destinados a ações sociais. Em 2010, foi reeleito governador da Bahia, em primeiro turno, com 63,83% dos votos válidos.
